まとめのような推測

一応の問題は回避できましたが、本当の問題が何処にあるのかは不明です。

• 問題を悪化させている要因にはdomaincontrol.comのネームサーバーのホストのAレコードとAAAAレコードで、それぞれのTTLの値が10分と2日と異なる点もあります。AAAAレコードの方が長いため、こちらだけがキャッシュに残った状態になりやすいと言えます。
  しかし、仮に同じであったとしてもAAAAレコードだけになる状況を完全に排除はできないでしょう。
• DNS64の実装が影響している可能性もあります。この文書の作成者は詳しくはありませんが、過去に似たような議論があるようです。
• BIND以外のソフトウェアの状況は気になりますが、対象の環境では簡単に置き換えるわけにはいかないため調査も行っていません。